Askerlik dönüşü Gümüşhane'nin merkez ilçesinin Özcan Mahallesi'nde imam hatip olarak göreve başlayan Doğan, 1954'te Diyanet İşleri Başkanlığının açtığı müftülük imtihanını kazanarak muhtelif şehirlerde müftülük, müftü yardımcılığı ve vaizlik yaptı.
Ankara'daki görevi sırasında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesinden 1965'te birincilikle mezun olan Doğan, Din İşleri Yüksek Kurulu üyesiyken Diyanet İşleri Başkan Yardımcılığına tayin edildi. Diyanet İşleri Başkanlığı vazifesine 15 Ocak 1968'de vekaleten atanan Doğan, bu görevini 25 Ağustos 1972'ye kadar yürüttü.
Daha sonra Milli Görüş hareketinin kurucusu ve eski başbakanlardan Necmettin Erbakan'ın daveti üzerine siyasete giren Doğan, Milli Selamet Partisinden (MSP) 1973-1980 arasında, iki dönem Erzurum Senatörü olarak görev yaptı.
1980 askeri darbesi döneminde Kirazlıdere Tutukevi'nde 8 ay tutuklu kalan Doğan, 1991'den itibaren 3 dönem Gümüşhane Milletvekili olarak TBMM'de yer aldı.
Arapça, Farsça ve Fransızca bilen Doğan, bir kısım arkadaşıyla 1987'de İSİLAY'ı kurdu. Doğan, Mütevelli Heyeti Başkanı olduğu vakfın Keçiören ve Balgat'taki müesseselerinde, ilerleyen yaşına rağmen eğitim faaliyetlerine devam ediyordu.