Pentagon'dan yapılan açıklamaya göre, Muhammed ve diğer iki sanıkla bir anlaşmaya varıldı.
Anlaşma gereği, Halid Şeyh Muhammed, Velid Bin Attaş ve Mustafa Ahmed Adem el-Havsavi, idam yerine müebbet hapis cezası karşılığında suçlarını kabul etmeyi kabul etti. Halid Şeyh Muhammed, 2003 yılında Pakistan'da yakalanmıştı.
2008 yılında, Muhammed'e "komplo", "savaş hukukunu ihlal ederek cinayet işlemek", "sivillere saldırma", "kasten ciddi bedensel yaralanmaya neden olma", "savaş hukukunu ihlal ederek mülke zarar verme", "terörizm" ve "terörizme maddi destek" gibi suçlardan idam talebiyle dava açılmıştı.
11 Eylül 2001'de, el-Kaide militanları tarafından düzenlenen koordineli saldırılarda dört yolcu uçağı kaçırılmıştı. İki uçak New York'taki Dünya Ticaret Merkezi'ne, bir uçak ise Pentagon'a çarptırılmıştı. Dördüncü uçak ise, Washington, DC'deki bir federal hükümet binasını hedeflerken, yolcuların direnişi nedeniyle Pensilvanya'ya düşmüştü.
Bu saldırılarda toplamda 2.996 kişi hayatını kaybetmiş ve ABD'nin "terörizme karşı savaş" politikası çerçevesinde Irak işgali başlamıştı. El-Kaide, ABD, Avrupa Birliği, Türkiye ve diğer birçok ülke tarafından terörist örgüt olarak tanınıyor.