Erhan Afyoncu, 20 Temmuz 1967 tarihinde Tokat'ta doğdu. İlk ve orta öğrenimini Tokat'ta tamamladı. 1984 yılında Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi Tarih Öğretmenliği Anabilim Dalı'ndan mezun oldu. Yüksek lisansını ve doktorasını aynı üniversitede tamamladı. 2004 yılında doçent, 2014 yılında profesör oldu.
Afyoncu, Marmara Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmakta. Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Yönetim Kurulu üyeliği ve Millî Savunma Üniversitesi Rektörlüğü görevlerini yürütüyor.
Afyoncu, Osmanlı tarihi alanında uzmanlaştı. Osmanlı Devleti'nin kuruluşundan yıkılışına kadarki dönemi konu alan çok sayıda eser yazdı. Afyoncu, ayrıca Osmanlı Devleti'nin kültür, eğitim, hukuk ve toplum yapısı gibi konuları da inceledi. Yazdığı eserlerle Osmanlı tarihi alanında önemli bir yere sahip. Eserleri, Türkiye'de ve yurt dışındaki üniversitelerde ders kitabı olarak kullanılıyor.